Dorama Hana Kimi mengisahkan tentang Mizuki Ashiya (Maki Horikita), seorang gadis asal Jepang yang belajar di California, Amerika Serikat. Dia adalah seorang pelari marathon terbaik di sekolahnya, dan sangat mengidolakan atlit lompat tinggi asal Jepang bernama Sano Izumi (Shun Oguri). Tapi karena sebuah insiden saat Sano Izumi mencoba menolong Mizuki Ashiya, Sano Izumi melukai kakinya dan di diagnosis tidak dapat melompat lagi. Huaaaaa...
Saat mengetahui Izumi Sano terancam tidak dapat melompat lagi, Mizuki Ashiya nekat pulang ke Jepang dan menyamar menjadi seorang pria untuk bisa masuk ke Ohsaka Gakuen, sebuah SMA khusus pria dimana Izumi Sano bersekolah. Mizuki Ashiya mempunyai tekad akan membuat Izumi Sano mau melompat lagi.
Bagaimana Mizuki Ashiya berusaha menutupi jati dirinya, kekonyolan teman-temannya yang menganggapnya lai-laki dan seorang teman pria bernama Suichi Nakatsu yang menyatakan perasaan kepadanya ?!